IPCO heeft tot doel de behartiging van de gezamenlijke belangen van de aangesloten inrichtende machten van vrije protestants-christelijke onderwijsinstellingen voor basisonderwijs, gesubsidieerd door de Vlaamse Gemeenschap.

Zij treedt ondermeer op tegenover de overheid als de representatieve groepering van inrichtende machten van het protestants-christelijk onderwijs in Vlaanderen of in het Brusselse Hoofdstedelijk Gewest.
Zij heeft eveneens tot doel het inrichten van nascholingsactiviteiten.